Это проблема настройки ftp клиентов, которыми вы пользуетесь, решить данную проблему можно следующим образом:

Total Commander:

1. net - ftp show hidden files
2. в файле wcx_ftp.ini в разделе [General] вписать FtpShowHidden=1 и перезагрузить Total Commander.

Far:

[x] Расширенный список:
LIST -la

Far Navigator:

Custom List command
LIST -la

Cute FTP:

Filter Setting Page
Server side filtering
remote filter: -la

Если выше описанные действия не помогают, но у вас есть доступ к серверу ( например у вас VPS тариф или dedicated ) и на сервере стоит proftp, то в файл

/usr/local/etc/proftpd.conf

добавляем строчку

ListOptions "-a"

и перезагружаем proftp:

usr/local/etc/rc.d/proftpd restart